logotype

Informational and File Sharing Server

Modeling of Macromolecular Systems

Home

Tutorials

Software

Share

ProgressKinetSolver

Программа ProgressKinetSolver разработана для решения обратной кинетической задачи в ферментативной кинетике. Используя методы численного интегрирования Милна (для нежестких систем) и Гира (для жестких систем) дифференциальных уравнений, программа составляет теоретическую кривую изменения концентрации реагентов во времени и сравнивает ее с экспериментальными данными. Далее происходит минимизация получаемой функций квадратов отклонений теоретической кривой от экспериментальной по кинетическим прараметрам изначально заданной схемы - константам химических реакций. В качестве алгоритма минимизации используется метод Пауэлла, оптимизированный для задач, использующих сумму квадратов отклонений в качестве минимизируемой функции.

Перейдя по ссылке, Вы сможете скачать три готовых варианта программы, оптимизированных для конкретных кинетических схем, с инструкциями, как ими пользоваться. Программу требуется запускать из командной строки с указанием пути к файлу, содержащем информацию о Вашей задаче. Пример:

C:\PKSolver_MichaelisMenten.exe -f parms_example_michaelis-menten.txt

Если Вам потребуется помощь в работе с программой или дополнительные вырианты программы с другими кинетическими схемами, пишите на почту armsadybekov@gmail.com!


Links:

Amber

AmberTools

PC Gamess

R.E.D.

VMD