Курс лекций "Механизмы действия ферментов"

Методы биоинформатики для изучения механизмов действия ферментов

Для студентов 4-го курса ФББ МГУ


Файлы презентаций:


Задание к семинару №1
"Анализ современного программного обеспечения для изучения механизмов действия ферментов методами биоинформатики"

Описание. Тебе необходимо разобраться с конкретным компьютерным приложением (ты выбираешь его сам(a)), которое может быть использовано для изучения ферментов и их свойств. Разобраться означает - прочитать статью об использовании и практике применения этой программы и понять идею метода, какие входные данные нужно для работы приложения, какие результаты получаются. Протестировать программу на конкрентом примере. В результате, ты должен (должна) уметь объянить, в чем польза этой программы, в чем ее ограничения и как использовать ее для изучения механизмов действия белков.

Описание нужно прислать на d.a.suplatov@belozersky.msu.ru: до 24 ноября включительно.
Я должен буду посмотреть все результаты до лекции и выбрать несколько человек, которые сделают краткий доклад на семинаре.

Приветствуется любая связь с действительность. Поэтому, поощряется использование программы, которая тебе знакома по курсовой работе, а также тестирование выбранного приложения на белке/белках, которые тебе известны и интересны по работе.

Программу ты выбираешь по своему усмотрению. Предпочтительно, чтобы речь шла о веб-сервере, на который можно отправить данные, а потом скачать результаты. Программа должна быть создана недавно и представлять новизну. Т.е., речь идет не о замечательных программах типа BLAST, написанных в прошлом веке, а о современных, созданных в последние несколько лет биоинформатических алгоритмах, которые предлагают новые подходы для анализа белков.

Формальное описание:

Подобрать статьи по следующим темам (выбрать одну тему):

  • Поиск мотивов, паттернов, функционально важных остатков в аминокислотных последовательностях и структурах белков
  • Моделирование структур белков по гомологии
  • Поиск в базах данных по сходству структур и последовательностей белков
  • Поиск функционально важных сайтов в структурах белков
  • Можешь выбрать другую тему, но тогда нужно уметь объяснить, как она связана с темой курса

Подготовить описание в следующем формате:

  • Название
  • Ссылка на статью
  • Ссылка на программу
  • Идея алгоритма
  • Входные данные (тип данных)
  • Результат работы программы (что программа выдает)
  • Пример (краткое описание конкретного примера)

Пример изданий для поиска статьей:
NAR Web-server issue 2014: http://nar.oxfordjournals.org/content/42/W1.toc
NAR Web-server issue 2013: http://nar.oxfordjournals.org/content/41/W1.toc
NAR Web-server issue 2012: http://nar.oxfordjournals.org/content/40/W1.toc
и т.д.

Почему NAR Web-server issue? Можешь искать статьи в любом журнале. Преимущество NAR-WSI в том, что все программы реализованы в виде веб-серверов (т.е. ничего на своем компьютере устанавливать не надо), собраны в одном месте и для каждой программы есть примеры - т.е. готовые входные данные, которые можно быстро запустить и посмотреть как все работает.

Примеры программ:

Привожу наши собственные приложения. Можешь разобраться с ними. Однако, я тоже буду говорить об этих программах на семинаре, поэтому будет больше смысла, если ты посмотришь и что-нибудь другое тоже.

Если нет доступа к статьям - пришли мне email (персональный или курса) и я вышлю соответствующую статью.

Сервер биоинформатического анализа Zebra для поиска аминокислотных остатков, определяющих функциональное разнообразие больших суперсемейств ферментов.
URL: https://biokinet.belozersky.msu.ru/zebra
Статья: http://dx.doi.org/10.1080/07391102.2013.834514

Сервер биоинформатического анализа pocketZebra для поиска и классификации фунцкионально важных сайтов в больших суперсемействах ферментов и определения аминокислотных остатков, ответственных за специфическое связывание субстратов/ингибиторов/эффекторов
URL: https://biokinet.belozersky.msu.ru/pocketzebra
Статья: http://dx.doi.org/10.1093/nar/gku448

Примеры входных данных для Zebra и pocketZebra:
Суперсемейство глутатион-трансфераз: выравнивание, структура
Суперсемейство протеинкиназ: выравнивание, структура