Таблица заданий для самостоятельной работы -- Курс лекций "Белковая инженерия"

ФИО Статья Направление
1 Daniel Bredikhin King, C., Garza, E. N., Mazor, R., Linehan, J. L., Pastan, I., Pepper, M., & Baker, D. (2014). Removing T-cell epitopes with computational protein design. Proceedings of the National Academy of Sciences, 111(23), 8577-8582. Rational design of T-cell recognition peptide epitopes to aviod immune response to protein therapeutics
2 Ksenia Safina Siegel, J. B., Smith, A. L., Poust, S., Wargacki, A. J., Bar-Even, A., Louw, C., ... & Baker, D. (2015). Computational protein design enables a novel one-carbon assimilation pathway. Proceedings of the National Academy of Sciences, 112(12), 3704-3709. Design of a novel catalytic activity
3 Герман Новаковский Balke, K., Schmidt, S., Genz, M., & Bornscheuer, U. T. (2015). Switching the Regioselectivity of a Cyclohexanone Monooxygenase towards (+)-trans-Dihydrocarvone by Rational Protein Design. ACS chemical biology. Эмпирический рациональный дизайн (???)
4 Юля Елисеева Strauch, E. M., Fleishman, S. J., & Baker, D. (2014). Computational design of a pH-sensitive IgG binding protein. Proceedings of the National Academy of Sciences, 111(2), 675-680. Дизайн рН-чувствительного белка
5 Анна Бутусова Huang, P. S., Feldmeier, K., Parmeggiani, F., Velasco, D. A. F., Höcker, B., & Baker, D. (2015). De novo design of a four-fold symmetric TIM-barrel protein with atomic-level accuracy. Nature Chemical Biology. Дизайн de novo
6 Наталья Ланина Borgo, B., & Havranek, J. J. (2014). Motif‐directed redesign of enzyme specificity. Protein Science, 23(3), 312-320. Молекулярное моделирование, учет конформаций ротамеров
7 Евгения Моисеева Moroz, Y. S., Dunston, T. T., Makhlynets, O. V., Moroz, O. V., Wu, Y., Yoon, J. H., ... & Korendovych, I. V. (2015). New Tricks for Old Proteins: Single Mutations in a Non-enzymatic Protein Give Rise to Various Enzymatic Activities. Journal of the American Chemical Society. Дизайн каталитической активности в аллостерическом белке, который в диком типе не проявляет каталитических свойств
8 Галицына Александра Joh, N. H., Wang, T., Bhate, M. P., Acharya, R., Wu, Y., Grabe, M., ... & DeGrado, W. F. (2014). De novo design of a transmembrane Zn2+-transporting four-helix bundle. Science, 346(6216), 1520-1524. Де ново дизайн
9 Евгения Прохорова Park, K., Shen, B. W., Parmeggiani, F., Huang, P. S., Stoddard, B. L., & Baker, D. (2015). Control of repeat-protein curvature by computational protein design. Nature structural & molecular biology, 22(2), 167-174. Дизайн поверхности связывания субстрата
10 Калинина Марина Liu, D. S., Nivón, L. G., Richter, F., Goldman, P. J., Deerinck, T. J., Yao, J. Z., ... & Ting, A. Y. (2014). Computational design of a red fluorophore ligase for site-specific protein labeling in living cells. Proceedings of the National Academy of Sciences, 111(43), E4551-E4559. Дизайн субстратной специфичности с использованием флуоресцентных меток
11 Василий Алешин Matamoros, T., Barrioluengo, V., Abia, D., & Menéndez-Arias, L. (2013). Major groove binding track residues of the connection subdomain of human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptase enhance cDNA synthesis at high temperatures. Biochemistry, 52(51), 9318-9328. Дизайн
12 Артем Артюхов Chen, Z., Geng, F., & Zeng, A. P. (2015). Protein design and engineering of a de novo pathway for microbial production of 1, 3‐propanediol from glucose. Biotechnology journal, 10(2), 284-289. Эмпирический дизайн (?)
13 Олеся Климчук Sormanni, P., Aprile, F. A., & Vendruscolo, M. (2015). Rational design of antibodies targeting specific epitopes within intrinsically disordered proteins. Proceedings of the National Academy of Sciences, 112(32), 9902-9907. Дизайн антител
14 Анастасия Столярова Ian M. Slaymaker, Linyi Gao, Bernd Zetsche, David A. Scott, Winston X. Yan, Feng Zhang. Rationally engineered Cas9 nucleases with improved specificity Science 10.1126/science.aad5227 Структрно-опосредованная инженерия белка
15 Юля Чудакова Guo, J., Rao, Z., Yang, T., Man, Z., Xu, M., Zhang, X., & Yang, S. T. (2015). Enhancement of the thermostability of Streptomyces kathirae SC-1 tyrosinase by rational design and empirical mutation. Enzyme and microbial technology, 77, 54-60. Эмпирический дизайн (?)
16 Елена Фоменко Bednar, D., Beerens, K., Sebestova, E., Bendl, J., Khare, S., Chaloupkova, R., ... & Damborsky, J. (2015). FireProt: Energy-and Evolution-Based Computational Design of Thermostable Multiple-Point Mutants. PLoS Comput Biol, 11(11), e1004556. Дизайн стабильности, предсказание аддитивного эффекта множественных мутаций
17 Мельничук Анастасия Chen, Z., Rappert, S., & Zeng, A. P. (2014). Rational design of allosteric regulation of homoserine dehydrogenase by a nonnatural inhibitor l-lysine. ACS synthetic biology, 4(2), 126-131. Дизайн аллостерической регуляции
18 Безменова Саша Li, Y., Zhang, L., Ding, Z., Gu, Z., & Shi, G. (2015). Engineering of isoamylase: improvement of protein stability and catalytic efficiency through semi-rational design. Journal of industrial microbiology & biotechnology, 1-10. Дизайн